А мы получили отказ, при указании номера офиса отсутствующего в ГАР (ФНС Новосибирск и Нижний Новгород)

Нет, ограничений не было.

Подавали отмену реорганизации одной компании из группы, все прошло Челябинск, Самара. У остальных статус не менялся, и реорганизация продолжалась. Форму подавала компания которая выходила из группы.