Можно. Но документ должен быть подписан двумя подписями, вашей и нотариусом (доверенность электронная не бывает). Второй вариант, сложная подпись (сертификат с перекрестной подписью), но нотариус не пойдет в центр сертификации, не в каждом центре такую подпись сделают. И не факт что налоговая поймет такую подпись.
Регистрация компании через интернет: пошаговая инструкция