Эта штатная единица в сведения ЕГРЮЛ не вносится и назначается Приказом Генерала.
Если же Вы будете назначать его решением участника, то это уже не ЗАМ, а полноценный ЕИО, как у Вас и предусмотрено новой редакцией Устава.
И тогда Ваш "новый корпоративный юрист" и нотариус правы - такое решение в ООО необходимо удостоверять нотариально и нотариус обязан подать форму Р13014 в налоговую.
Только, насколько Я понял, запись в ЕГРЮЛ о наличии "многочлена" Вы убрали и по сведениям ЕГРЮЛ в ООО сейчас ЕИО в единственном лице.
А для того, чтобы внести в ЕГРЮЛ второго директора Вам необходимо будет заполнить пункт 3 формы. Только вот такое возможно лишь при выборе в пункте 2 (причина представления заявления) значения "1". Ну и, соответственно, в комплекте подаваемых документов должен быть Устав (или изменения), а в Решении и вопрос о его утверждении.
Хотя случается и так, что налоговая регистрирует второго и без заполнения пункта 3 формы.