Давно мы столкнулись с такой же ситуаций с указанием корпуса или строения, нам тогда сказали, что если ничего не подчеркнуто и не указано, то автоматически читается первое слово в пункте, т.е., если Вы не подчеркнули офис или не написали в самой графе - оф., то автоматически воспринимается, что указан номер квартиры, что противоречит уставу.
С тех пор мы всегда пишем в самой форме оф. 1111, ком.555 или пом. 77, отказов пока не было.
По поводу запроса МИФНС 46 в территориалку о подтверждении адреса- если адрес реальный, этот вопрос можно контролировать (мы после сдачи документов звоним в налоговую, выясняем, кто отвечает на запросы МИФНС 46 и разговариваем с этим человеком, чаще всего просят подвезти документы на адрес, подписать акт проверки помещения, иногда запрос так и не приходит (что и к лучшему, а то ИФНС 9 однажды попросила быстренько поэтажный план и список всех арендаторов с указанием площадей аренды, а у собственника 4 этажа и полный беспорядок в документах арендаторов).