Вам можно сделать несколькими вариантами:
1) принять решение о рео и увести в ООО всех акционеров (но придется бадаться с ФНС, т.к. неживого не пустят)
2) увести в ООО только живого. После этого прилетит письмо от ЦБ. ЦБ главное, чтобы вы компенсировали все убытки второму акционеру (или его наследникам)
3) увести в ООО только своего и ничего не платить второму. Но потом придется бадаться с ЦБ. Практики пока по этому вопросу мало. Тут надо смотреть сколько стоит доля второго акционера по рынку. Может всего 10000 рублей. Так заплатите и не парьтесь.
Основное и главное - процедура рео должна быть проведена с ОСОБЫМ контролем, т.к. ЦБ к вам все равно придет и будет пытаться прицепиться к какому-нибудь косяку (даже незначительному). Знаем - проходили. У вас какой регион, кстати?
Если будут вопросы - рад помочь. Даже советтом
oleg.dronov@agency-ct.ru
И еще смотрите КАК проведено ОСА по вопросу рео. Проводили, полагаю, не вы. Тогда готов спорить, что там есть косяк, который может вылететь в 700 т.р. штрафа для ООО как для правопреемника. Можете сбросить протокол ОСА - гляну. А нотариус верно заверил протокол ОСА свидетельством. Они так и делают.
Плюс смотрите когда у вас было ОСА. Если до 12.11.2019 года, то вам нужно было еще и в Федресурсе публиковаться (но это не точно). В ноябре приняли изменения в 129-ФЗ, но практики пока маловато.