Сразу предупреждаю, сильно не пинайте, я не юрист, просто готовлюсь к такому же действию. Это только мое мнение.
Росреестру можно попробовать написать следующее:
Основанием для государственной регистрации прав на недвижимость преобразованной организации являлся передаточный акт (п. 1 ст. 17 Федерального закона от 21.07.97 № 122-ФЗ «О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним», письмо Минфина России от 03.02.2012 № 03-05-04-03/06).
Но в случае преобразования юридического лица, в п.5 Статьи 58 ГК РФ "Правопреемство при реорганизации юридических лиц", с 1 сентября 2014 года «передаточный акт» при преобразовании больше не упоминается. Теперь передача имущества по акту у нас по сути не происходит. (Поэтому попросите акт изъять/вернуть вам.) А права и обязанности реорганизованного юридического лица в отношении других лиц не изменяются в силу упомянутой статьи.
В силу положений Гражданского кодекса права на имущество, подлежащие государственной регистрации, возникают с момента регистрации соответствующих прав на него, если иное не установлено законом. В п. 11 Постановления Пленума Верховного Суда РФ № 10 и Пленума ВАС РФ № 22 от 29.04.2010 «О некоторых вопросах, возникающих в судебной практике при разрешении споров, связанных с защитой права собственности и других вещных прав» разъяснено, что иной момент возникновения права установлен, в частности, для приобретения права собственности на недвижимое имущество в порядке реорганизации юридического лица.
То есть, если реорганизуемому юридическому лицу (ЗАО) принадлежит недвижимое имущество на праве собственности, которое уже было зарегистрировано в установленном порядке, это право переходит к реорганизованному юридическому лицу (ООО) независимо от государственной регистрации права на недвижимость с момента завершения реорганизации юридического лица (иной момент возниконовения прав). Таким обазом, право уже перешло к ООО, независимо от его регистрации и в этом случае требуется внести изменения в ЕГРП, а не зарегистрировать переход права.
Тем более, что законодательство нигде не содержит прямого указания на обязательную необходимость и сроки новой регистрации права собственности в таком случае. Также отсутсвует и ответственость за невыполнение такого действия.
Таким образом считаем, что в сложившихся условиях необходимо внести изменения в ЕГРП, а не регистрировать право собственности.
Далее для суда.
Про новое юр.лицо — тут спорить с Росреестром трудно т.к. они ссылаются на действия налоговой, которая прекращает одно лицо и заводит другое (ну нет у налоговой другого регламента для этого действия и передаточный акт они продолжают требовать). Поэтому дальнейшие аргументы только для суда, который может рассмотреть дело «по существу».
В нашем случае (вы напишите ваш случай) 2 собсвенника владеющие в сумме 100% акций реорганизуемого ЗАО становятся владельцами 100% долей в ровно аналогичных акциям долях в реорганизованном ООО. Неизменными остаются размер уставного капитала, название (кроме аббревиатуры ООО вместо ЗАО) и место расположения юрлица, характер деятельности и перечень выпускаемой продукции, состав собсвенников, имущества и персонала. Несмотря на присвоение абревиатуры ООО вместо ЗАО, новых ИНН и т.п. реквизитов это есть по сути тоже самое юрлицо по инициативе государства реорганизованное в другую форму, и в силу п.5 Статьи 58 ГК РФ обладающее в отношении других лиц неизменными правами и обязанностиями. Инициатором данного преобразования является государства а причиной изменение законодательства, а не воля учредителей.
Считаем, что в таком случае нет оснований для новой регистрации прав собственности. А следует внести изменения в ЕГРП.