я сейчас понимаю, что вы рассуждаете с точки зрения минюста, но:
в уставе совет учредителей, что предполагает что он состоит из учредителей, да собственно в уставе об этом и говорится. В ГК уведомительный порядок выхода, не требующий санкции органа. Соответственно, если они вышли с момента подачи заявления о выходе, то в органе, который состоит из учредителей, они больше неполномочны.
Кроме того, где есть в законе указание, либо запрет, на принятие решения оставшимся учредителем, в случае если другой учредитель выбыл (по любой причине, хоть по смерти)? диспозитивные нормы у нас обычно в ГК и иных ФЗ.
Также, про точку зрения минюста, до этого выходы в таком порядке у меня лично проходили без происшествий. В отношении этой организации конкретно был один отказ по независимым причинам, но там ни слова не было о неполномочном органе, во втором случае, уже главная претензия была в том что неуполномоченный орган.
Соответственно, и вопрос, на чем основывается их отказ и какие шансы его обжаловать.