Столкнулся с такой же проблемой,при приведении в соответствии решил вставить свежие паспортные данные ) и в результате, вместо пяти учредителей стало 10,
46-я их просто дублировала.
Я понял так, что подаю форму 14001 (там ставлю галочку в пункте 2.3.) заполняю только три первых листа и заверяю нотариально подпись заявителя + форму 14001 заполняю три первых листа и лист приложения в котором ошибка (нот. заверять не надо) скрепляете вместе обе формы и подаю в 46,+ прикладываю сопроводительное письмо с указанием ошибки, а да и ГП оплачивать не надо, поправьте если я не прав.