@Pers,
судя по фрагменту сообщения Департамента, поскольку другой информации Вы не предоставили,
учредителем Вашего
ГУБДО является именно
Департамент и его надо сменить на г.
Москву. Тогда понятен отказ налоговой, что Вы меняете сведения не у того учредителя - в реестре учредитель Департамент (как ЮЛ), а НЕ субъект РФ или муниципальное образование.
Если это так, то Вам тогда надо заполнять Лист "
В" на прекращение прав участника ("
2") в отношении Департамента, а Лист "
Д" на возникновение прав ("
1") в отношении г. Москвы. И в п.3 Листа "
Д" значение "
1" - возложение полномочий на Департамент.