если мы говорим о Минюсте в Москве, то у них на сайте вот такое разъяснение по поводу единственного учредителя и высшего органа:
Какой орган является высшим органом управления автономной некоммерческой организации?
Согласно п. 1 ст. 123.25 Гражданского кодекса Российской Федерации управление деятельностью автономной некоммерческой организации осуществляют ее учредители в порядке, установленном ее уставом, утвержденным ее учредителями.
П. 2 данной статьи предусмотрено, что по решению учредителей (учредителя) автономной некоммерческой организации в ней может быть создан постоянно действующий коллегиальный орган (органы), компетенция которого устанавливается уставом автономной некоммерческой организации.
В свою очередь п. 3 вышеназванной статьи определено, что учредители (учредитель) автономной некоммерческой организации назначают единоличный исполнительный орган автономной некоммерческой организации (председателя, генерального директора и т.п.). Единоличным исполнительным органом автономной некоммерческой организации может быть назначен один из ее учредителей-граждан.
Вместе с тем согласно п. 1 ст. 29 Закона о некоммерческих организациях высший орган управления для автономной некоммерческой организации коллегиальный.
Иных требований к составу и порядку формирования высшего органа управления не предусмотрено.
Следует учитывать, что в соответствии с п. 4 ст. 3 Федерального закона от 05.05.2014 № 99-ФЗ «О внесении изменений в главу 4 части первой Гражданского кодекса Российской Федерации и о признании утратившим силу отдельных положений законодательных актов Российской Федерации» положения Закона о некоммерческих организациях применяются в части, не противоречащей Гражданскому кодексу.
Таким образом, формирование коллегиального высшего органа автономной некоммерческой организации не является обязательным, его формирование осуществляется по решению ее учредителей (учредителя) в случаях и порядке, установленных уставом автономной некоммерческой организации. Функции высшего органа автономной некоммерческой организации может выполнять единственный учредитель.
ссылка
https://to77.minjust.gov.ru/ru/page...nnoj-registracii-nekommercheskih-organizacij/
PS это не мое оценочное суждение, просто прикладываю мнение органа