Нужно просить суд признать сделку недействительной. Сделать это нужно встречным иском, в отзыве нельзя такие требования заявить. Можно попробовать занять двустульную позицию, например заявить встречный иск о недействительности сделки и дополнительно представить отзыв, в котором просить суд уменьшить неустойку в том случае, если он не найдет оснований для удовлетворения встречного иска.
Насчет недействительности смущает, что организация договор по факту исполняла, принимала арендную плату, писала письма относительно договора, т.е. как бы признавала сделку как она есть, а теперь заявляет что она недействительна. Трудно будет в суде это требование продвигать, на мой взгляд.
С другой стороны если судья нормальный будет, может всё-таки встанет на вашу сторону, т.к. ответчик явно какой-то ушлый тип.