@NaTa10,
Вы же для подписания контейнера выбрали (активировали) ЭЦП первого Заявителя. Вот таким же образом делаете поочерёдно и с остальными Заявителями: жмёте значок "Выбрать сертификат" >>> в выпавшем окне также выбираете нужный сертификат и жмёте "Применить" >>> дожидаетесь активации (снизу измениться содержание строки "Сертификат подписи") и дальше также подписываете. Либо по одному каждый документ, либо "списком".
ps. У Вас в форме должны быть указаны все Заявители, при этом во вкладке "Заявители" при формировании транспортного контейнера (в ППДГР) должны содержаться сведения о них.