Честно говоря у меня нет личного опыта по "передаче" филиалов от одного ООО другому, поэтому ограничусь предположениями и общими выводами из НК РФ и прочих НПА .
На самом деле действительно странно, так как не забывайте что на учете у вас по-прежнему стоит не "филиал", а сама ликвидированная организация по месту нахождения ее обособленного подразделения.
То есть явный косяк взаимодействия налоговых органов, когда ФНС по месту нахождения головной организации, должна была уведомить территориалку по месту нахождения Ф/П, что налогоплательщика уже не существует))
Хотя возможно это следствие того, что вы тогда не исполнили еще одну налоговую обязанность - не уведомили ФНС по месту нахождения головной организации о своей реорганизации формой С-09-4 (пп.4 п.2 ст.23 НК РФ).
Кроме того, вам еще тогда нужно было зарегистрировать изменения в устав той компании, к которой произошло присоединения, указав в ее уставе филиал присоединяемой компании. И хоть прошло уже более полугода, данная обязанность по-прежнему на вас висит, так что делайте это.
Правда даже проект новых методических рекомендаций не предусматривает "передачи" филиалов, поэтому рекомендую вам к 13002 приложить сопроводительное письмо, поясняющее, что у вас идет не просто создание нового филиала, а включение в структуру давно существовавшего филиала присоединенной компании. Может случится чудо и этого действительно хватит (и прежний Ф/П снимут с учета и новый на учет поставят, хотя очень сильно в этом сомневаюсь).
Вобщем, лучше всего, если вы подготовите документы для регистрации изменений в устав существующей ООО, а потом с ними и с передаточным актом (который делали при присоединении) придете в территориалку по месту нахождения Ф/П, и попыталсь с ними обсудить/договориться.
p.s. если есть коллеги с опытом в реорганизации юр.лиц с филиалами, то надеюсь они меня дополнят))
***
Обратите внимание!
Получить ответы на вопросы регистрации и внесения изменений ЮЛ и ИП можно и в телеграм-чате Регфорума.
Переходите по ссылке https://t.me/reg_regforum
