не может. главное, чтобы все остальное подписали. а запрос и усно, дело поправимое))
для подстраховки можете в 5ти дневный срок после регистрации подать в территориальную налоговую заявление об упрощенке.
с запросом, я думаю проблем не будет максимум вернут платежку, по ней закажете копию в территориалке, правда придец немного подождать, пока туда придет рег. дело из 46ой (если у Вас Москва).