Уточнила у них следующее: принимают два экземпляра, один остается в архиве, другой пересылают в Управление ФНС.
А Управление, видимо, уже рассылает по территориальным.
Следовательно, целесообразно воспользоваться советом по самостоятельному дублированию заявления на УСН в свою территориалку с соблюдением сроков.