В соответствии с НК РФ - заявление должно подаваться в течение 5 дней с момента госрегистрации - то есть с момента внесения соответствующей записи о создании юрлица в ЕГРЮЛ. При регистрации коммерческих организаций в г. Москве заявление, как Вы знаете, подается вместе с комплектом регистрационных документов. В отношении НКО есть некие сложности, связанные с тем, что регистрирующий орган для НКО - Минюст (принимает решение о государственной регистрации), затем на основании принятого решения налоговые органы вносят запись в ЕГРЮЛ. На практике дело обстоит так: документы подаем в Минюст, Минюст принимает решение о регистрации и передает документы в налоговую для внесения в ЕГРЮЛ, налоговая вносит в реестр, распечатывает свидетельство и выписку и передает документы назад - в Минюст. Последний этап - Минюст распечатывает свидетельство о госрегистрации НКО и выдает заявителю комплект документов (ВНИМАНИЕ!) Дата в свидетельстве о регистрации НКО и в свидетельстве о внесении в ЕГРЮЛ совпадает. Также следует указать, что разрыв во времени с момента внесения записи в ЕГРЮЛ до момента получения документов на руки составляет, как правило, более пяти рабочих дней, что делает практически невозможной реализацию права на представление НКО заявления о переходен на УСН в территориальный налоговый орган в соответствии с требованиями НК РФ. На практике приходится выкручиваться так: подаем заявление на УСН в Минюст и слезно просим человека на приеме поставить отметку на еще одном экземпляре, а после того как уже все зарегистрировано - приходим в территориальную ИФНС с этим заявлением и просим выдать уведомление. Так проходило пару раз, но бывали случаи, когда в территории категорически отказывались выдавать уведомление и тогда только один вариант - заявление в общем порядке в "Юрьев день"