Мне кажется, закон об ООО (статья 27) не оставляет много места для маневра: 
«Займ от учредителя» и другие варианты финансовой помощи компании
Вы сдавали лично? Тогда в расписке будет дата до НГ. А вот при отправке по почте (поправьте меня, если я не права) в истории автора, как я поняла, дата получения налоговым органом и дата в расписке - уже после НГ. И тогда логика налоговиков относительно понятной становится...
Интересно мнение коллег по срокам подачи документов в рег. орган
Вот ссылочка путеводитель по действующим сейчас формам от 2013 г. Других форм, насколько мне известно, пока нет (думаю, были бы - тут на Регфоруму уже точно было бы написано и не раз).  То, где вы их заполняете, в программе или в экселе, насколько мне известно, не имеет значения, если все правильно заполнено, просто в программе удобнее. 
Письмо ФНС о январских изменениях в регистрации
А интересный вы вопрос задали!  По ГК (статья 194) и НК РФ (статья 6.1) получается, что если сдал на почту до 24, то срок исполнения обязанности/направления уведомления и извещения и т.п. соблюден. А вот по закону о регистрации юридических лиц и ИП - часть 2 статьи 9 -  Видимо, логика следующая: допустим, мы обязаны подать документы на регистрацию в течение некоторого количества дней со дня приня...
Интересно мнение коллег по срокам подачи документов в рег. орган
1
Может быть, сотрудник ИФНС имел в виду первичку? там действительно документ об оплате не нужен, т.к. обязанности оплаты  УК на этапе регистрации нет. А вот при переходе доли позднее по возмездной сделке нужно подтвержение оплаты.
Письмо ФНС о январских изменениях в регистрации
Я не конкретно про вашу ситуацию, я абстрактно рассуждаю, что участник (уже бывший) в любом случае не может влиять на ситуацию и, значит, не должен быть ее заложником. Доля перешла обществу с момента заявления о выходе, участник уже не участник, обратно не отыграть. И даже если директор пропустит месячный срок, автоматом участник не вернется в общество.
Письмо ФНС о январских изменениях в регистрации
1
Мне кажется, они так просто борются с риском злоупотреблений и подписыванием "задним числом", но особых правовых рычагов у налоговиков, как мне кажется, и нет. Участник бывший не виноват в том, что директор - тормоз. По большому счету, и месячный срок директор может пропустить, участник от этого обратно участником не станет...
Письмо ФНС о январских изменениях в регистрации
4
1
В письме написано, что в печатном виде нотариус сможет выдать. Может, тут еще придется у нотариуса оплачивать услугу по удостоверению печатной копии электронному оригиналу? тогда все встанет на свои места.
Письмо ФНС о январских изменениях в регистрации
1