Я правда в этом, ну совсем не специалист, ЭЦП — реквизит электронного документа, полученный в результате криптографического преобразования информации с использованием закрытого ключа подписи (извините, за цитату из Википедии, я своими словами не воспроизведу), но насколько мне объясняли в ней зашифрованы данные на подписанта и в том, числе его должность. 
Отказ в регистрации при подаче заявления с ЭЦП
Абсолютно согласна, в отказе не сказано, что подпись не соответствует или подписано не уполномоченным лицом, ну или что-то в этом роде. А совершенно конкретно "подпись не засвидетельствована в нотариальном порядке".
Отказ в регистрации при подаче заявления с ЭЦП
Почему любой, ЭЦП то мы оформляли на определенных сотрудников совершенно определенной компании и предоставляли пакет документов на ЮЛ и на этих сотрудников в УЦ.
Отказ в регистрации при подаче заявления с ЭЦП
ЭЦП оформляли изначально на Гендиректора и зама, потом Гендиректор увольняется, а полномочия ЕИО возлагаются на ИО Генерального директора (он же Зам с сохранением в должности), которого нам и надо внести в ЕГРЮЛ, как лицо имеющее право действовать без доверенности от ЮЛ.
Отказ в регистрации при подаче заявления с ЭЦП
ЭЦП оформлялась на организацию, было два подписанта бывший Гендиректор и новый ИО Генерального директора (он же ЗамГенерального директора).
Отказ в регистрации при подаче заявления с ЭЦП
Вот у меня были сомнения по этому поводу, но т.к. подавали впервые в таком формате, то пользовалась подробной инструкцией, размещенной здесь http://regforum.ru/posts/1869_podacha_elektronnyh_dokumentov_na_gosudarstvennuyu_registraciyu/в п.1 "Распечатываем сформированное заявление, подписывает последний лист заявителем." далее сканирование. 
Отказ в регистрации при подаче заявления с ЭЦП
1
23.11.2017
Людмила
Добрый день!А нам сегодня отказ пришел из 46 МИФНС, т.к. "в представленном заявлении подпись заявителя не засвидетельствована в нотариальном порядке". А так надеялись... У нас смена единоличного исполнительного органа, Гендиректора меняем на ИО Гендиректора, ЭЦП есть, все прошло по инструкции прекрасно, заявление приняли, расписку получили. И сегодня вот такое. Руководство обжаловать не хо...
Подача электронных документов на государственную регистрацию юрлица: инструкция по сервису ФНС
04.08.2017
Людмила
Да, еще выяснили, что ошибка была действительно по нашей вине, в 2009 при увеличении УК подавали только 13001, а 14001 не подали, вот и образовались расхождения по номиналу доли. Всем огромное спасибо и удачи в нашем нелегком деле!!!!
Исправление ошибки в ЕГРЮЛ
2
04.08.2017
Людмила
Коллеги!!!!! Спешу поделиться своей радостью, нам зарегистрировали!!!! И в ЕГРЮЛ все внесли, специально перепроверила несколько раз!!! Еще раз напишу что из документов подавали: заявление 14001 об изменении сведений участника, подписанное Руководителем!, решение единственного участника о внесении изменений в сведения об участнике, подробное письмо с описанием проблемы за подписью руководителя и с ...
Исправление ошибки в ЕГРЮЛ
4
26.07.2017
Людмила
Только что от нотариуса, как ни странно заверили вообще без каких либо вопросов. Я, правда, прикладывала еще на всякий случай решение участника о внесении изменений в ЕГРЮЛ в сведения об участнике.  Конечно, мнение консультанта частенько расходится с мнением того сотрудника, кто будет выносить решение. Но раз уж заверились попробуем. Думаю еще приложить решение и сопроводительное письмо от организ...
Исправление ошибки в ЕГРЮЛ
1