Первое мнение, которое полностью соответствует букве Закона)))

Логики такой здесь нет, п. 4.2. ст. 9 Федерального закона от 08.08.2001 г. N 129-ФЗ дозволяет провести проверку достоверности сведений, включаемых или включенных в ЕГРЮЛ. Более того, в абз. 1 п. 10 письма от 11.01.2016 г. № 4-14/52 говорится о праве проведения проверки достоверности, а не обязанности.

Остаётся пожелать такой ясности по всем территориальным органам....

Внятная,обоснованная, а главное - законная позиция. Однако, в территориальных регистрирующих органах её не разделяют и утверждают о необходимости двух этапов. Чему я нашёл для себя два объяснения: первое, вообще не читали п. 9 письма от 11.01.2016 г. и уж тем более п. 6 ст. 17  Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ; второе, сотрудникам запретили говорить правду ;-)))) Иных причин я не вижу. ...