в Вашем случае п. 6.4. заполняется. Заполняйте заявления на гос. регистрацию через программку, удобно, меньше ошибок сделаете

), тогда да

должен

так он дилжен остаться только в ЕГРЮЛ 

я бы просто сделал устав в новой редакции, уже без филиалов и сдал бы 13 форму, 1-й лист и листы на заявителя. Прописал бы закрытие только по решению (протоколу)

это заявление Вам сделает нотариус.