я бы заполнил п. 3, т.к. в ФИО вы ничего не меняете, а именно: 3.., 3.2, 3.3, и в п. 3.4 надо указать Генеральный директор, а далее - паспортные данные и т.д. не заполнять.
тогда подавать лучше заново, новый протокол, новый устав и заявление на регистрацию по 13й форме, деньги вносить не надо, просто сделайте копию подтверждающих документов об оплате (у вас по приходнику вносили? тогда копию приходника, заверенную директором)