Людмила, я, кажется, понял, в чём проблема. Закон о госрегистрации требует, чтобы это была квалифицированная электронная подпись ЗАЯВИТЕЛЯ. То есть в вашем случае - назначаемого директора. А вы подписали заявление электронной подписью ОРГАНИЗАЦИИ, правильно я понимаю? Впрочем, это лишь мои предположения... Проще всего в налоговой проконсультироваться... Они же тоже люди, могут что-то объяснить...