Скорее всего да, для каждого госоргана придётся получать отдельную ЭЦП.

Разъясните, пожалуйста, а к ИП применяется термин "юридическое лицо"?

"Причем для некоторых других ОПФ предусмотрена возможность наличия ИП в составе учредителей." Для каких, например, ОПФ?