в Уставе - пишите как Вам нужно, а вот в форме - всегда заглавные!
Но, что то мне подсказывает, что в Уставе и пр. лучше то же прибегнуть к заглавным буквам, что бы банки и пр. не ворчали ))
Прошивать нотариусы форму всё же будут, но руководствуясь не 129, не об ооо, не приказами, а положением о нотариате. Причем, если например при заверении 11001, участники не одновременно заверяют форму, а скажем у разных нотариусов, то количество прошивок соответственно - возрастает, поскольку листы с подписями второго и последующих участников - подшиваются к уже заверенной форме.
Поставил в форме "1", сегодня подали, посмотрим что получим на выходе...
Там, кстати еще есть пунктик, если я так понимаю руководитель является участником юрлица, а именно п.8...