Вопрос 1: что делать в случае смерти единственного учредителя присоединяемой организации после внесения записи о ее ликвидации в результате присоединения. Изменения в уставном капитале основного общества еще не внесены. Паспорт учредителя бьется как недействительный в связи со смертью. Как ликвидировать основное общество без внесения изменений об увеличении уставного капитала в связи с присоединен...

1 и 3. Лучше сразу прописать и в договоре и в совместном протоколе всех участников и увеличившийся уставный капитал. Как вариант (если нет возможности договор поменять) можно сделать доп.соглашение к договору о присоединении, в котором утверждаете нужный пункт договора в другой редакции.  2. Включите в повестку пункт, что решения и состав участников данного собрания подтверждается их подписями без...

п.5 ст.16 ФЗ О гос.регистрации "Реорганизация юридического лица в форме присоединения с момента внесения в единый государственный реестр юридических лиц записи о прекращении деятельности последнего из присоединенных юридических лиц считается завершенной". Таким образом, у вас реорганизация завершена. Вводит правопреемник или нет в свой состав участников - это его проблемы. Хотя на простора...

Поздравляю! Если цель - прекратить деятельность по присоединяющимся фирмам и забыть, то можно бросить, обязанность ввода новых участников лежит на фирме-правопреемнике. 

Да

Если процесс уже начался, можно отменить реорганизацию по тем ООО, которых надо из процесса вывести, а с оставшимися продолжать реорганизацию.

Думаю, если реорганизация делается с целью бизнес-роста или, например, фирму действительно купили и хотят дальше с ней работать (не все смену директора и куплю-продажу делают ;-)), то соблюдают. А если так, чтобы избавиться, то никто не заморачивается.

Придется подавать 13001: 1) можно вместе с 16003, но к 13001 прикладываете "свой" пакет документов (4 этап в статье описывает, какой, но лучше в конкретном рег.органе уточнять). В этом случае есть риск, что если не пройдет 16003, значит и 13001 не пройдет (и прощай госпошлина, нотариальные расходы). 2) можно подавать после регистрации прекращения деятельности по Р16003. Я так и предпочитаю...

Делать от каждой фирмы, хоть участник/акционер и один, но он представляет разные фирмы.

Подавать можно, но если не пройдет 16003, то и изменения не пройдут. Поэтому чтобы не рисковать, предпочитаю изменения после прохождения Р16003 подавать.