Мария, вы и правда думаете, что налоговики будут читать "ваши стенания" (естественно не ваши, а автора вопроса), что не прошли изменения в прошлый раз? Протокол для налоговой - это сведения, что вносится, а не что не внеслось. В протокол вписывается только то, что на данный момент участниками принимается и будет вносится в учредительные документы и ЕГРЮЛ. Налоговая даже не обратит внимание...