Чтобы Вам помочь, нужно видеть направленные в налоговую документы. С большой вероятностью проблема не в электронной форме, а в ошибках при заполнении заявления. Ну, а что касается формы - внимательно ознакомьтесь с требованиями к формату изображения (разрешение, глубина цвета и т.п.).
Регистрация компании через интернет: пошаговая инструкция
Они пишут, что в выписке, представленной в УЦ, нет данных о новом директоре (это очевидно, поскольку он еще не внесен в ЕГРЮЛ). Но фишка в том, что никакую выписку представлять в УЦ нет необходимости, закон об ЭП такого не требует.
Brainstorm. Смена директора по ЭЦП — отказ в регистрации!
5
Здравствуйте!1. Убедитесь, пожалуйста, еще раз в том, что подписывать заявление должен только один из учредителей. Дело в том, что налоговая (не знаю насчет Минюста) изменила свой подход и требует теперь заполнять листы заявителя в отношении каждого учредителя юр.лица: https://www.nalog.ru/rn77/service/complaint_decision/1.html?c=6870&to=0&n=0&th=&novr=46265&vs=2&df=12.05.2...
Регистрация компании через интернет: пошаговая инструкция
Получил письмо из  Управления по обеспечению деятельности мировых судей города Москвы: В настоящее время порядок подачи документов в электронном виде, в том числе в форме электронного документа на судебный участок мирового судьи города Москвы не определен. Данный функционал планируется к вводу в 2018 году.
Подача электронного иска в районный суд — как это работает
2
Простите, я давал совет тем, кто еще не подал. Вам можно обратиться в налоговую через форму обращений с соответствующим запросом.
Регистрация компании через интернет: пошаговая инструкция
Приложите к документам отдельное заявление в свободной форме о получении документов по почте. Некоторые налоговики его просят, несмотря на указание об этом в самом заявлении и в контейнере при его формировании.
Регистрация компании через интернет: пошаговая инструкция
Не знаете, почему мировым судьям пока такой способ подачи не сделали? В законе вроде нет исключения.
Подача электронного иска в районный суд — как это работает