ч. 7 ст. 3 № 99-ФЗ  касается только вашего ЗАО, а не другого общества, где оно является участником. Соответственно изменения по 14001 вносить нужно.

Вы самое интересное не указали, передан ли реестр акционеров реестродержателю.  Если нет, то оформляйте купле-продажу всех долей задним числом до 2014г. одному участнику, и будет у вас один акционер он же участник.