Статья 81 ТК РФ не запрещает уволить работника, изъявившего желание расторгнуть трудовой договор, во время больничного. Срок в две недели не приостанавливается. Если он истекает в момент, пока работник все еще на больничном, вы можете его уволить по собственному желанию - при условии, что он не отозвал заявление.