В ЕГРЮЛ и не будет информации о руководителе ОП. Это, скорее всего, территориальная налоговая.
Если трудовые отношения оформляли, то и в пенсионном должен быть.
Просто закройте этот филиал.
Только работодателем руководителя филиала является само ООО и приказ должен быть от директора головы, а не от работника.