Если уж дошло до бумаг и тянет на увольнение по статье, ТО чтобы зафиксировать отсутствие сотрудника на работника нужен АКТ или ПРОТОКОЛ, который составляется сотрудником кадровой службы или другим сотрудником, ответственным за контролем посещаемости или учета кадров, ведущего табель допустим. В протоколе отражаются данные сотрудника, занимаемая должность и т.п. и естественно, день и время отсутствия. Подписывается директором. Знакомите с ним сотрудника. Если сотрудник хочет пободаться с руководством, то пишет объяснительную, что на работе он был, описывает причину, почему его присутствие не могло быть замечено и может быть даже собирает подписи в свою поддержку. А дальше уже можно делать или приказ о взыскании с последующим внесением его в личное дело или признать свою неправоту и выплатить зарплату за отработанный, но неучтенный (по ошибке) рабочий день.
В общем, просто так лишать зарплаты за фактически отработанный день работодатель не может, он как минимум, должен запросить объяснения.