В общем вот некоторые моменты, по которым лично у меня ясность появилась:
1. Наименования улиц, домов, и т.п. заполняется точно, как указано в КЛАДР - т.е. если в паспорте указано, ул. Н.Панова, а в КЛАДР - улица Николая Панова - то пишется последнее;
2. Так же вооружитесь несколькими классификаторами, вместо нынешнего одного ОКВЭД: коды субъектов РФ, КЛАДР, Справочник кодов видов документов удостоверяющих личность;
3. В пункте 7.1. методички сказано: "В случае изменения паспортных данных (изменение данных паспорта гражданина Российской Федерации (в том числе в связи с изменением фамилии, имени, отчества физического лица) или выдача паспорта гражданина Российской Федерации в связи с приобретением лицом без гражданства или иностранным гражданином гражданства Российской Федерации) и сведений о месте жительства учредителей (участников) юридического лица - физических лиц, лица, имеющего право без доверенности действовать от имени юридического лица, а также иных физических лиц, сведения о которых включены в Единый государственный реестр юридических лиц, Заявление о внесении изменений в сведения о юридическом лице, содержащиеся в Едином государственном реестре юридических лиц, не оформляется".