Вы правы. Но ГК содержит требование к наличию "фирменного наименования", без указания - полное оно или сокращенное.
Вот из методички:
В соответствии с подпунктом "а" пункта 1 статьи 5 Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ (Собрание законодательства Российской Федерации, 2001, N 33 (часть I), ст. 3431; 2003, N 26, ст. 2565) в Едином государственном реестре юридических лиц содержатся сведения о полном и (в случае, если имеется) сокращенном наименовании, в том числе фирменном наименовании, для коммерческих организаций на русском языке. Учитывая, что согласно пункту 4 статьи 54 Гражданского кодекса Российской Федерации (Собрание законодательства Российской Федерации, 1994, N 32, ст. 3301) юридические лица, являющиеся коммерческими организациями, должны иметь фирменное наименование, заполнение пункта 1.4 для коммерческих организаций обязательно.
В принципе, отказ спорный, но вот результат судебного обжалования его предсказать не возьмусь...