А Вы хотите зарегистрировать изменения в основном обществе даже в том случае если реорганизация не состоится?
ps. Совместное собрание лишь принимает решение ещё в процессе реорганизации, до исключения присоединяемого из ЕГРЮЛ.
На совместном заседании участников обществ, участвующих в присоединении, принимается решение о внесении в устав общества, к которому осуществляется присоединение, изменений, предусмотренных договором о присоединении, а также при необходимости могут рассматриваться иные вопросы, в том числе вопросы об избрании органов общества, к которому осуществляется присоединение. Сроки и порядок проведения такого совместного заседания определяются договором о присоединении (п.3 ст.53 ФЗ об ООО).