А раз судятся, то мог быть запрет суда на перерегистрацию или просто запрос из суда на информацию а 46-я на всякий случай старается ничего не делать, откуда нам все это знать, а здесь могут быть настоящие причины отказа.
Может тогда ну его наследство, а руководствоваться другим пунктом устава, где указано, что переход доли наследнику только при согласии всех остальных участников общества? Просто указать в протоколе ОСУ, что наследники не объявляются и все участники против вхождения наследников, долю умершего перераспределить по всем участникам, стоимость доли выплатить наследникам после регистрации изменений в течении месяца и их объявления. Такой вариант имеет право на безотказность?