В трудовом прописываете оклад, для Москвы сейчас минималка 10300 кажется, и в зависимости от системы налогообложения, начисляете и оплачиваете взносы, а можно отправит гену в отпуск за свой счет, только если он один в компании, а работа движется..., будут возникать вопросы у органов.