Groza, во-первых, так как выяснилось, что у вас госучреждение, вам действительно нужно подавать документы в налоговую.
Во-вторых, ведь приказ о назначении нового руководителя у вас уже на руках, значит без вариантов заявителем будет новый руководитель.
К 14-й форме рекомендую приложить копию приказа департамента (одну из тех, которые вы там получили)