Вспоминается нетленное "незнание закона, не освобождает от ответственности")

Не открывается(

Да, всё верно. Сначала - выпускаете акции, потом - регистрируете все изменения в уставе. Думаю, если Вы будете приводить устав в соответствие с 99-ФЗ с 8-тысячным УК, Вам могут и отказать из-за несоответствия размера УК действующему законодательству. Поэтому будет лучше, если все изменения проведете одним разом.

И увеличение УК, и приведение в соответствие предполагают внесение изменений в устав, поэтому, на мой взгляд, стоит произвести оба действия одновременно.

Присоединюсь к совету согласовать все в Минюсте до подачи. Конкретно с АНО поменялось мало что, но свериться не помешает. Заявитель в НКО один -- тот, кого выбрали на учредительном собрании. А Учредители указываются все.

Если в выписке из ЕГРЮЛ кодов нет вообще никаких, значит и нет и в ЕГРЮЛ. Поэтому можете просто добавить те коды, которые Вам нужны, на первой странице листа Н.