Также не встречал оговорок, скорее всего, если это каснется юр. лиц, тогда они укажут и о них.

Данная норма закона касается и юр. лиц, разве в пункте "ф", есть разделение только на физиков? 

В таком случае, было бы лучше, если до или после подачи в 46-ю,  сам бы руководитель поехал в территориальную. И пообщался с инспектором, который будет давать ответ в МИФНС 46.

Если его просто сдать в канцелярию, оно может не успеть дойти до инспектора, который будет давать ответ в МИФНС 46.

Хуже точно от этого не будет. В любом случае собственник должен будет дать подтверждение. Также в зависимости от территориальной, не исключено приглашение на собеседование руководителя.

Можно, если это лицо, на кого доверенность, не является заинтересованным,.

Так по закону он должен быть участником в Обществе 50% и более.

Сведения выгружаются автоматически в отношении граждан РФ, для иностранцев необходимо вносить изменения паспортных данных.

Подайте Р14001 по адресу и одновременно по смене паспортных данных участника/руководителя. Адрес регистрации укажите за пределами РФ.

Не совсем понятно, не увидев заполненной формы заявления.Вроде ссылаются на заполнение формы не по требованиям. Если заполнено всё по требованиям, тогда обжалуйте. Я бы и не заморачивался этими изменениями, позже обновят, могут и через 3-и месяца обновить.Или они Вам спокойно спать мешают...