У меня без указания помещения, которого нет в ГАР, все проходит. Один раз только в МО пришлось обжаловать. Не вижу противоречия в письме.

Откажут. Как раз и разъясняют в письме, что указывать надо до здания/сооружения, если помещение отсутствует в ГАР. 

Через нотара вариант остается.Если действующая ЭЦП есть, то пока и с недостоверкой она работает.

При смене местонахождения на «домашние адреса» (как пример, из Москвы в Одинцово, из Одинцово в Домодедово) пункт 6 заполняется так как меняется то самое место нахождения юридического лица, об этом нам говорят Требования по заполнению Р13014 (обозвал по простому, но думаю понятно) в пункте 81, а именно «Пункт 6 «Юридическим лицом" заполняется в случае принятия юридическим лицом решения об изме...