Если почитать заключения Правового управления и Комитетов, там нет доводов по этому пункту законопроекта, причины отклонения касаются совсем других положений.
А не подскажете ОГРН, где у вас 2 ЕИО? Посмотреть как это выглядит. И если возможно, поделитесь впечатлениями, каково работается компании с 2мя ЕИО (можно в личку)