Все налоговые работают с этим. Вас обманули (возможно в данной налоговой вообще дилетанты), если подав заявку в электронном виде Вы не явились (по любой причине), то можно воспользоваться той же оплатой - хоть при повторной подачи заявки в электронном виде, хоть при личной подаче или подаче по почте. Не хотите обратиться в ФНС с просьбой разобраться? При электронной подаче ТАКОГО отказа быть НЕ...