Если наследник унаследовал какую-то часть имущества, он вступил в наследство и приобрел право на долю. Доля его. Можно попытаться исключить его из числа участников по суду с выплатой ДСД.
Если же наследников у физлица нет, то его имущество является вымороченным, вещи бесхозяйными, права на имущество отходят соответствующему органу власти/управления. Здесь встает вопрос с природой доли в ООО: вещная она или обязательственная. Вроде бы принято считать долю правом, но абсолютным.
Интереснее ситуация с ликвидацией юрлица без распределения имущества или с его исключением из ЕГРЮЛ как недействующего. У него нет правопреемников, доля повисает в воздухе. Пожалуй, законным будет только механизм распределения, предусмотренный п. 5.2. ст. 64 ГК, но он не работает на практике, и его не может запустить общество, в уставном капитале которого выявлена такая доля или акция.
Если уставом ООО не предусмотрено получение согласия на правопреемство в отношении доли, забрать долю на общество не получится.
Известные механизмы с реорганизацией преобразованием с "потерей" "мертвых душ" в рамках закона пройти не могут. Принудительный выкуп в АО, если до этого не менее 10% не приобретено при обязательном предложении, не работает.