Здравствуйте!
ФНС в Письме от 05.12.2023 № АБ-4-20/15261 сообщает, что самозанятый должен при регистрации указать регион, в котором он ведет деятельность. Если самозанятый ввдет деятельность в нескольких регионах, то в приложении нужно указать какой-то один из них. Его можно менять, но не чаще, чем раз в календарный год.
При этом, рекомендовать самозанятым указывать регион, где они прописаны, если деятельность при этом ведут в другом регионе — неправомерно, по меннию ФНС.
Вообще, ни разу никто не проверял, какой там регион в приложении. Может, к кому были вопросы?