В арбитраж надо. Практику создавать (пока решений нет, но дела уже есть).
Логика, как я понимаю, у налоговой следующая:
11001, 14001 - смена гены, 15001 - назначение ликвидатора - по ЭЦП физического лица Пупкина Ивана Ивановича.
Всё остальное - по ЭЦП Пупкина Ивана Ивановича, как генерального директора.
Вангую, что арбитражный суд в случае оспаривания будет на стороне регистрирующего органа...