@632bk, там есть ещё следующий абзац. Про 1 экземпляр документов, представленных при государственной регистрации. Этот абзац указывает на то, что речь идёт об случае, когда документы представлены не электронно, то есть лично или по почте. Кое-кто в Минюсте не удосужился доработать регламент под нужды электронной регистрации.
Этот регламент был утверждён тогда, когда ещё и речи не было об электронном способе представления документов. С тех пор его немного подправили, но непоследовательно. В результате получилось непонятно что.
Очевидно же, что указанный вами абзац противоречит самому принципу электронного оказания услуги, заложенному в Федеральном законе "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей", который никуда не делся. Именно он устанавливает основы электронного взаимодействия. И то, что регламент специального порядка государственной регистрации на данный момент не обеспечивает надлежащего оказания государственной услуги, - это недоработка Минюста.