моё мнение, пробуйте обжаловать в ЦА ФНС. Собственника я так понял не опросили, не установили факт что связь с вашим ООО по указанному адресу не осуществляется
сейчас не надо писать полный адрес в Уставе, достаточно только населённый пункт. А вот в Выписку Вам надо адрес детализировать до офиса (комнаты, помещения или кабинета)