Подавали форму 12016, получили отказ, одним из оснований было отсутствие публикации на федресурсе.
МИФНС №46 отказывают в ликвидации из-за отсутствия публикации в Федресурсе. Пока на сталии ПЛБ
Первый раз слышу, чтобы налоговая выдавала дубликат Решения. Вам просто необходимо  восстановить его самим.Судя по тому, что Решение об изменениях принято единственным Участником, значит из состава вышел один из участников. Лист записи ГРН необходимо получить в МИФНС №46 по запросу.
Утеряны документы по ООО
Мне кажется отдельно вносить изменения не надо, но при первых же изменениях вносимых в учредительные документы, я бы рекомендовала привести виды деятельности Устава в соответствие с ЕГРЮЛ.
Изменение кодов ОКВЭД после принятия новой редакции ОК 029-2014 (КДЕС РЕД. 2): личный опыт
А у вас старые коды так и остались не перекодированные на новые?
Изменение кодов ОКВЭД после принятия новой редакции ОК 029-2014 (КДЕС РЕД. 2): личный опыт
А если при первичке 1 учредитель делает нотариальную доверенность, а второй идет в налоговую лично, то само заявление Р11001 тоже можно не заверять?
Нотариальные доверенности при регистрации: практика применения
1