Я думаю, что это вообще не дело регистрирующего органа, в лице налогового органа, проверка документов. Когда были МРП при МинЮсте, там была юридическая проверка, но не выносили отказ, а выдавали временное св-во на основании которого можно было заключать договоры, и постепенно приводить свои доки в полное соотвествии с законом. И проверяли надо сказать Устав и на тот момент учредительный договор, ...