судя по всему участник, владеющий 60% УК просто вышел из общества (опередил вас), а директор принял его заявление (а по другому не мог) и доля перешла к обществу (никаких актов тут не подписывается), и никакого решения оставшегося участника тут не нужно.
Теперь директор решил уволиться. Как он подал заявление? лично вам или по почте с уведомлением? если по почте - то лучше с ним встретиться. И все обговорить. Он может конечно сам себе сделать запись об увольнении в трудовую, но надо еще внести в ЕРГЮЛ смену директора, вопрос на кого? вот тут нужно решение участника... имея все уч. доки на руках и печать, то они могут обойтись и без вас... если он с вами не хочет встречаться, то тогда сами напрямую подайте Р34001 на недостоверность о себе и тогда вся эта контора повиснет на директоре.